Fino strukturno ugađanje heterocikličkih boja na bazi stirila za spektrofotometrijsko prepoznavanje različitih ds-DNA/RNA slijedova

diplomski rad

• Naslov (engleski): Fine structural tuning of heterocyclic dyes with a styryl base for spectrophotometric recognition of different ds-DNA/RNA sequences
• Autor: Ivona Pečurlić
• Mentor: Irena Škorić (mentor)
• Mentor: Ivo Piantanida (komentor)
• Član povjerenstva: Irena Škorić (predsjednik povjerenstva)
• Član povjerenstva: Željka Ujević Andrijić (član povjerenstva)
• Član povjerenstva: Ivo Piantanida (član povjerenstva)
• Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj: Sveučilište u Zagrebu; Fakultet kemijskog inženjerstva i tehnologije; Zagreb
• Datum i država obrane: 2022-09-13, Hrvatska
• Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana: PRIRODNE ZNANOSTI; Kemija

Sažetak

U sklopu ovog diplomskog rada ispitivane su interakcije s molekulama DNA i RNA za četiri stirilne boje, različitih heterocikličkih jezgri te položaja supstituenata. Sve boje imaju strukturu koja sadržava konjugirani sustav te uz pozitivan naboj, pokazuju odlični potencijal za vezanje na polinukleotide. Svi spojevi su karakterizirani uz metode UV/Vis spektrofotometrije i spektrofluorimetrije te preliminarnim ispitivanjima vezanja na DNA, uočena je značajna promjena fluorescencijskog odziva kao naznaka vezanja. UV/Vis te fluorimetrijskim titracijama spojeva s polinukleotidima, ustanovljeno je kako svi spojevi pokazuju afinitet prema vezanju na RNA te ponešto viši afiniteti vidljivi su prema DNA, što je izraženo logaritmom konstante stabilnosti određenih prema Scatchardovoj jednadžbi. Opisujući način vezanja, sve boje pokazuju nespecifično vezanje u utore. Spojevi pokazuju slab stabilizacijski utjecaj na polinukleotide, u većoj mjeri na RNA nego na DNA molekulu.

Sažetak (engleski)

Within this Master's thesis, interactions with DNA and RNA molecules were investigated for four styryl dyes, with different heterocyclic cores and substituent positions. All dyes have a structure that contains a conjugated system and a positive charge, which shows excellent potential for binding to polynucleotides. All compounds were characterized with the UV/Vis spectrophotometry and spectrofluometry methods, and with preliminary DNA binding tests, a significant change in fluorescence response was observed as an indication of binding. By UV/Vis and fluorimetric titrations of compounds with polynucleotides, it was established that all compounds show affinity towards binding to RNA, and slightly higher affinities are visible towards DNA, which are expressed by the logarithm of the stability constant determined according to Scatchard's equation. Describing the mode of binding, all dyes show non-specific binding to the grooves. The compounds show a weak stabilizing effect on polynucleotides, to a greater extent on RNA than on DNA molecules.

• Ključne riječi: stirilne boje; DNA; RNA; UV/Vis spektrofotometrija; spektrofluorimetrija; cirkularni dikroizam
• Ključne riječi (engleski): styryl dyes; DNA; RNA; UV/Vis spectrophotometry; spectrofluorimetry; circular dichroism
• Jezik: hrvatski
• URN:NBN: urn:nbn:hr:149:809039
• Projekt: Šifra: IP-2018-01-5475; Naziv: Višekromoforne probe za prepoznavanje pojedinih struktura DNA, RNA i proteina; Kratica: BioMultiChromoProbes; Voditelj: Ivo Piantanida; Pravna nadležnost: Hrvatska; Financijer: HRZZ; Linija financiranja: IP
• Studijski program: Naziv: Kemijsko inženjerstvo; Vrsta studija: sveučilišni; Stupanj studija: diplomski; Akademski / stručni naziv: magistar/magistra inženjer/inženjerka kemijskog inženjerstva (mag. ing. cheming.)
• Vrsta resursa: Tekst
• Način izrade datoteke: Izvorno digitalna
• Prava pristupa: Otvoreni pristup
• Datum i vrijeme pohrane: 2023-03-19 17:19:11